玉树州位于青藏高原东南缘，气候为高寒半干旱性气候，四季分明，昼夜温差大。气温较低，年平均气温为1.5℃左右，最高气温一般不超过20℃，最低气温可以低至零下30℃以下。夏季气温较低，白天温度适宜，夜晚清凉宜人，是避暑的好去处。
降水集中在夏季，年降水量约为450毫米左右，其中八月份降水最多。由于地处高海拔地区，夏季也有明显的雷雨和冰雹天气，防霜期为5个月左右。
受青藏高原东南部风向影响，玉树州气候也有明显的季风特点。冬天由于天空晴朗，大气透明度较高，日照时间较长，常有“冬季太阳荡擀面皮”的美称。同时，冬季也是高原上晴空万里，星空繁华的季节。
总体来说，玉树州的气候干燥，相对湿度低，空气清新，适宜旅游。但注意保暖，做好防晒、防寒、防害虫等措施。
